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此外还有锦衣卫校尉五百人，排列在午门内外，负责鸣鞭及执掌仪仗。
每年正旦、冬至、万寿节三大朝会，锦衣卫与其他亲军一起承担侍卫和仪仗职责。仪仗队伍共有四千人余人，其中锦衣卫多达一千五百人。朝会期间距离皇帝最近的就是锦衣卫，随时侍奉左右，听候调遣。
每当皇帝因祭祀或巡游而出宫时，锦衣卫也要在驾前扈从。他们有的负责沿途巡视，有的负责在銮跸与京城之间传报消息，有的在驾旁侍骑，传奏御辇的起落。
出警入跸图》中的锦衣卫（伞盖下为万历皇帝，红衣者为锦衣卫校尉，着甲扛刀者为锦衣卫大汉将军）
由于具有仪仗队的职能，所以锦衣卫的服饰异常华美。校尉穿的官服因袭了元代礼服的样式，《长安客话》中称其“鹅帽锦衣”，也就是用鹅毛装饰的帽子和颜色亮丽的衣服。每当皇帝祭祀或巡游时，作为侍从的锦衣卫校尉更要身着飞鱼服，腰佩绣春刀。飞鱼服是仅次于蟒袍的隆重礼服，官员到了一定品级才能穿着。绣春刀轻巧短小，除非御赐，否则不能擅自佩戴。景泰年间，锦衣卫指挥使和当值侍卫又获准穿着麒麟服，这是公、侯、伯、驸马才有资格穿的礼服。锦衣卫大汉将军在当值时要穿戴饰以小旗的头盔、对襟的罩甲。盔甲有金盔金甲、红盔红甲和红盔青甲等各种颜色。腰间还要悬挂宫禁金牌和佩刀，手持金瓜或斧钺。现藏于台北故宫博物院的《出警入跸图》中能清楚地看到随驾扈从的锦衣卫官军。
“巡查缉捕”是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处，负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南、北镇抚司，其中北镇抚司是洪武十五年添设，专理皇帝钦定案件。成化元年，增铸北镇抚司印信，一切刑狱不必关白本卫。北镇抚司拥有自己的诏狱，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。南、北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。
廷杖就是把触怒皇帝的大臣拖出午门杖打。负责行刑的就是锦衣卫校尉，监刑的是司礼监太监。受杖官员被扒掉官服，用草绳捆绑，趴在地上，受杖80棍，行刑校尉每5棍一换，共用16人。行刑校尉以司礼监太监的表情动作为下杖轻重的依据：若太监两脚成外八字张开，受刑之人尚能留下一条性命；若太监两脚尖靠拢，受刑之人就要毙命杖下。有明一代共行廷杖500余次，杖毙的大臣达50多人。
作为皇帝的贴身卫队，为了保证皇帝的安全，锦衣卫必须防患于未然。他们于是时时出动，刺探可能威胁皇权、危害朝廷的行为和言论，并捉捕和审讯嫌疑人。他们的这项任务被皇帝特许，并逐渐演变为军事特务的职能。
洪武时期，因为锦衣卫有非法凌辱、虐待囚犯的行为，朱元璋下诏焚毁锦衣卫刑具，废除了他们的这项职能。明成祖朱棣登基之后，恢复了锦衣卫的所有权力，并有所加强。他设置了北镇抚司，专理“诏狱”，可以直接逮捕和拷问犯人，刑部、大理寺、都察院这些司法机关无权过问。明宪宗成化年间又增铸了北镇抚司印信，一切刑狱专呈皇帝，毋须通过指挥使转达，使锦衣卫北镇抚司成为皇帝直辖的司法机构，权力达到极致。负责侦察、缉捕的锦衣卫官校称为“缇骑”。由于权力缺乏限制，他们为了邀功请赏而罗织罪名，不择手段地扩大牵连范围，制造的冤假错案不胜枚举。